Une occupation préhistorique de l'île est probable, mais non établie. La première présence attestée, celle des Bantous, apparaît vers le 7ème siècle (vestiges de céramiques). Du 12ème au 16ème, les invasions répétées arabo-schiraziennes donnent à l'archipel sa culture et son caractère musulmans, toujours dominants.

En 1500, un sultanat est établi sur l'île de Mayotte. Plus tard, en 1503, l'île est découverte par des navigateurs portugais qui la noteront sur les cartes. Les incursions portugaises au 16ème, et surtout malgaches au 18ème - la plus dure - ne modifient pas cet état de fait.

En 1832, l'île est conquise par Andriantsoly, ancien roi Sakalava du Boina à Madagascar. Suite à la prise de Nosy Be (Madagascar) en 1840, les Français prennent connaissance de la présence d'un roi Sakalava à Mayotte.

Mayotte devient colonie française le 25 avril 1841, alors que la rivalité franco-britannique pour le contrôle des autres îles allait tourner à l'avantage de la France. En 1886, la Grande Comore, Moheli et Anjouan deviennent protectorat sous la direction du gouverneur de Mayotte 1886. Mayotte, quant à elle, garde un statut de colonie.

A partir de 1908, l'ensemble des Comores est intégré sous l'autorité du gouvernement général de Madagascar et dépendances.

En 1946, les Comores sont séparées de Madagascar et deviennent territoire d'outre-mer. Suite au refus en 1958 tant de l'indépendance que de la départementalisation, les Comores obtiennent le 22 décembre 1961 (loi n°1412) un statut d'autonomie interne (qui sera élargie en 1968 par la loi n°6804); le député Said Mohamed Cheikh devient président du conseil de gouvernement, jusqu'à sa mort le 16 mars 1970. La capitale Dzaoudzi (Mayotte) est transférée à Moroni en 1966, huit ans après la décision du transfert.

Le 25 août 1972, le Comité spécial de décolonisation de l'ONU inscrit l'archipel des Comores.

En 1974, la France organise aux Comores un référendum sur l'indépendance. Mayotte sera la seule île de l'archipel à voter pour le maintien de ses liens avec la France. Elle confirmera ce choix lors d'un second référendum en 1976. Depuis 1975, l'île est toujours revendiquée par l'Union des Comores et l'Union africaine reconnaît ce territoire comme occupé par une puissance étrangère.

L'assemblée générale de l'ONU a de nombreuses fois condamné la présence française à Mayotte, après que l'ONU, par son conseil de sécurité n'eut pas adopté de résolution condamnant la France. Depuis 1995, la question de Mayotte n'a plus été inscrite à l'ordre du jour de l'assemblée générale de l'ONU.

L'Union européenne quand à elle reconnait ce territoire comme français avec le statut de PTOM (pays et territoires d'outre-mer).